#ifndef __ASSEMBLE_DNA_H__
#define __ASSEMBLE_DNA_H__

#include "dna.h"
#include <string>


/* Teste s'il est possible d'assembler in1 et in2.
 * Si oui, met le résultat dans out et les flags des in à 1.
 * Si non, ne fait rien.
 * Revoie 1 si assemblage effectué, 0 sinon.
*/
int assembleDna(DnaSeq * in1, DnaSeq * in2, DnaSeq * out);

// Assemble les séquences Adn de même longueur
int assembleDna2(DnaSeq * in1, DnaSeq * in2, DnaSeq * out);

// swap
int assembleDna3(DnaSeq * in1, DnaSeq * in2, DnaSeq * out);

int assembleDna4(DnaSeq * in1, DnaSeq * in2, DnaSeq * out, int thres);

#endif
